奧林巴斯顯微鏡的分類首先按兩大類來分，分為奧林巴斯生物顯微鏡和奧林巴斯工業(yè)顯微鏡。
其中奧林巴斯生物顯微鏡又可以粗列分為正置顯微鏡，倒置顯微鏡和體視顯微鏡。
一.正置顯微鏡
1.奧林巴斯CX22教學(xué)顯微鏡，高成像質(zhì)量、大視野范圍、更舒適易用，是教學(xué)領(lǐng)域及常規(guī)應(yīng)用的理想選擇。
2.奧林巴斯CX31顯微鏡：用于教學(xué)用途和常規(guī)應(yīng)用的顯微鏡，結(jié)合UIS2光學(xué)系統(tǒng)提供明亮平坦的高對比圖像，能輕松連接數(shù)碼相機。
3.奧林巴斯CX41顯微鏡：適合于大多數(shù)常規(guī)應(yīng)用的顯微鏡，結(jié)合先進的UIS2光學(xué)系統(tǒng)，通過安裝簡單的附件即可進行普通明場、相差、熒光等觀察，能輕松連接數(shù)碼相機。
4.奧林巴斯BX43生物顯微鏡：是一款研究級顯微鏡，提供良好的性價比，廣泛地滿足實驗室和臨床工作方面的各種要求，同時可以通過配置多種附件實現(xiàn)系統(tǒng)的擴展，以及適應(yīng)各種工作的要求。
5.奧林巴斯BX53全能顯微鏡：配備的新的內(nèi)置復(fù)眼照明透鏡的反射光照明器和新型帶特殊鍍膜鏡組能夠幫助初學(xué)者獲得良好的熒光圖像，同時具有極佳的圖像質(zhì)量。
6.奧林巴斯人機工程學(xué)顯微鏡BX46：人機工程學(xué)原理設(shè)計的大量閱片專用顯微鏡，低位設(shè)計載物臺調(diào)節(jié)使操作更為舒適、便捷。
7.奧林巴斯BX63研究級電動萬能顯微鏡：全部操作可通過電腦及軟件進行控制，也可通過控制面板或者手動操作。