尼康生物顯微鏡具有卓越光學性能，合理人機學設計的正置顯微鏡。E100采用了尼康獨有的CFI無限遠光學系統(tǒng)，并對色差和場曲進行校正，工作距離更長，數(shù)值孔徑更高。新的BE平場消色差系列物鏡專為E100設計，確保在各個放大倍數(shù)下得到清晰明亮的圖像。

    尼康生物顯微鏡配置了卓越的尼康CFI60光學系統(tǒng)而設計的Eclipse 80I提供極佳的高信噪比影像，得到的熒光影像能顯示出淋漓盡致的信息。尼康生物顯微鏡擁有現(xiàn)代化一系列高級功能的設計，采用尼康獨有的“復眼照明”技術，VC平場復消色差物鏡及應用于高端數(shù)字成像顯微鏡系統(tǒng)的智能電動數(shù)字成像頭。尼康生物顯微鏡定位的載物臺手柄，新機制的載物臺手柄在載物臺X/Y大范圍移動時都保持在一個固定的靠近調(diào)焦旋鈕的位置。操作者的手可以舒服地停留在桌面的同一位置。同時載物臺的高度和松緊度都是可調(diào)的。尼康生物顯微鏡采用了新的人機工程學目鏡筒可在 10° - 30°自由傾斜，且鏡筒的伸縮幅度可達40mm。不論使用者的體形如何或顯微鏡安裝了中間模塊，都可以保證操作者佳的觀察方位和舒適的觀察姿勢。 同時C接口數(shù)碼相機可以通過一個0.7×的DSC接口安裝在人機工程學物鏡筒上。

    尼康生物顯微鏡配置了眼點提升器可將觀察點位置每次提高25mm(大100mm)，可旋轉(zhuǎn)的載物臺使圖像可存儲于各種角度及改善構圖。旋轉(zhuǎn)與光軸方向敏感的樣本，如DIC，可以更好的改進圖像對比度和細節(jié)，在后端口配置有一個0.8×-2.0×光學變倍機構可使圖像縮放到所需要的倍數(shù)。與數(shù)碼變倍不同，光學變倍能讓相機的解析度和光學分辨率相匹配，輕松得到清晰流暢的圖像。尼康生物顯微鏡同時配置了兩個輸出端口可同時安裝多種成像設備。前端口使用的鏡頭少，適合用在共聚焦和定量測量上。尼康生物顯微鏡采用了尼康顯微鏡CFI60無限遠光學物鏡齊焦距離為60mm，使得工作距離更長，NA值高，同時能產(chǎn)生清晰明亮的高對比度的圖像，同時配置了一個可容納各種中間模塊的靈活的升級空間。

    尼康生物顯微鏡堅硬牢固的結構更好的保證高精準地對焦，更好的應用了電腦輔助設計，顯著的增強了載物臺Z向運動及支持臂部分的穩(wěn)定性。極大地增強了其穩(wěn)定性，使得在高放大倍數(shù)觀察下不想要的圖像模糊和漂移減到少，提供佳的影像效果。尼康生物顯微鏡熒光成像中極佳的信噪比和對比度，采用了尼康獨一無二的高信噪比熒光系統(tǒng)由數(shù)字成像頭和通用的落射熒光照明組成。同時配置了雜光消除器可以消除濾光塊內(nèi)雜散光，信噪比提升了五倍，增加熒光顯微術圖像對比度，更進一步地擴展探測水平的限度。尼康生物顯微鏡更好的使得在普通觀察或多重熒光樣本成像時，操作者能更方便地在不改變?yōu)V光塊得情況下，進一步加強特定波長激發(fā)光。通過在光路中調(diào)節(jié)激發(fā)平衡片的滑動距離，更好的使得觀察各個通道的熒光強度得到平衡。